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※以下、全て公式サイトから転載。
3人の主人公それぞれにストーリーが用意されている。
ゾンビが闊歩するアメリカ「トールオークス」にて、大統領暗殺の容疑をかけられたレオン。
要人救出のため、バイオハザードが発生している中国「蘭祥」にて作戦を遂行するクリス。
欧州の紛争地域である「イドニア共和国」にて、正体不明のB.O.W.に追われるジェイク。
全く別の場所で繰り広げられる物語が、交じり合っていく。
2013年、アメリカ 【トールオークス（Tall Oaks）】ラクーンシティの事件から十数年後。
尚も続くバイオテロに歯止めをかけるべく、合衆国大統領は"ラクーン事件の真相"の公表を決意する。
講演当日−会場で大規模なバイオテロが発生。
大統領の友人として、そしてラクーン事件の証人として講演に参加していた大統領直轄エージェント：レオン・S・ケネディは変わり果てた姿の大統領と対面する。
女性に襲いかかろうと手を伸ばす大統領。
レオンの引き金に掛けた指に力がこもる。部屋に響く一発の銃声。
横たわる大統領の亡骸を苦悶の表情で見つめるレオン。
「私が、やったの…」
救出した女性の頬には涙が伝う。
この事件を引き起こしたと告白した女性、それは、レオンと同じ合衆国エージェント：ヘレナ・ハーパーだった。
「そこに、お前の言う真実があるのか」
事件の真相を突き止めるべく、レオンは、ヘレナと共に先へ進むことを決意する。
生けるものを恨むかのように、暗闇からのびる亡者たちの手、大統領暗殺の容疑をかけられながらも、
先へ進むレオンとヘレナ。
状況は絶望的−。
この最悪の状況から逃れるすべはあるのか。
アメリカ大統領講演会場での大規模なバイオテロと時を同じくして、対バイオテロ部隊"BSAA"隊長クリス・レッドフィールドは、
捕らわれた国連高官を救出すべく、未曾有のバイオテロにさらされた中国【蘭祥】へ仲間のBSAA隊員たちと降り立つ。
『俺は 何から逃げていた?』
心によぎるその思いは、前に進めなくなった自分と向き合うためのものなのか。
自問自答をしながらも、 混乱を極めた中国の街を進んでいくクリス。
撃てども傷が再生、変異していくB.O.W. (生物兵器）が、容赦なく襲いかかってくる 予想をはるかに上回る状況に、
一人、また一人と命を落としていく隊員たち。
我を失うほど、この事態を引き起こした張本人へ言い切れぬ憤怒を心に抱き、
それでもクリスは先へと進んでいく。
状況は絶望的−。
この最悪の状況から逃れるすべはあるのか。
東欧の紛争地域【イドニア共和国：Edonia】。
青年・ジェイクは、傭兵として反政府軍に参加していた。
過酷な戦場という環境、先の見えない泥沼のような戦況。
それらが、傭兵たちの心を静かに蝕む。
それを見透かしたかのように、戦意高揚を謳う栄養剤が配布された。
投与後間もなく、彼らの肉体に異常な変化が…体が変形し、暴れ出す傭兵たち。
そんな不可解な状況にあって、 ジェイクにだけは、なんの変化も起きない。
襲いかかってくる傭兵を退けたジェイクの前に、ひとりの女性が現れる。
女性の名は、合衆国エージェント、シェリー・バーキン。
世界を救うため一緒に来てほしいと告げるシェリー。
「始めに前金で20万ドル。残りは終わった後。
ちなみにB.O.W.は別料金。一体1000ドルだ」
突然告げられた話にも動じず、飄々と言い放つジェイク。
反政府軍とBSAAの激しい戦闘の真っただ中。
"C-ウィルス"の投与により変異した反政府軍の傭兵たち。
それに立ち向かうBSAA。
銃弾が飛び交う戦場を、危険に肌を焼きながら駆け抜けていく二人。
背後から迫りくる圧倒的な絶望−
世界の運命を賭けた長い逃亡劇に終わりはあるのか。
謎めいた地下墓地。
レオンとエイダは再会を果たすが、その間には不穏な空気が漂う。
レオンとヘレナにクロスボウを向けるエイダ。
ヘレナはエイダにその銃口を向ける。
一体、３人の間になにがあったのか？手にしているキューブ型の通信機で話している相手は？
そして、彼女の周りで見え隠れする「ネオアンブレラ」という言葉の真実とは？
謎をまとう女エイダに、パートナーは存在しない。
妖しく、それぞれの主人公たちの運命に関係していく。
エイダ・ウォン、彼女の物語は、多くの謎に包まれている。
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